Das Genehmigungsverfahren setzt einen schriftlichen Antrag voraus, dem die zur Prüfung der Genehmigungsvoraussetzungen erforderlichen Zeichnungen, Erläuterungen und sonstigen Unterlagen beizufügen sind. Sofern von der zuständigen Immissionsschutzbehörde beziehungsweise den jeweiligen Fachbehörden weitere Unterlagen für eine Beurteilung erforderlich sind, sind diese nachzureichen. In vereinfachten Genehmigungsverfahren erfolgt keine öffentliche Auslegung der Antragsunterlagen. Die Genehmigungsbehörde fordert die zu beteiligenden Behörden auf, ihre Stellungnahme zu den Genehmigungsvoraussetzungen abzugeben. Hat die Genehmigungsbehörde alle Umstände ermittelt, die für die Erteilung einer Genehmigung von Bedeutung sind, so ist über den Antrag zu entscheiden. Der Genehmigungsbescheid ist schriftlich zu begründen.
Die immissionsschutzrechtliche Genehmigung schließt nach § 13 BImSchG andere die Anlage betreffende behördliche Entscheidungen ein, insbesondere öffentlich-rechtliche Genehmigungen, Zulassungen, Verleihungen, Erlaubnisse und Bewilligungen. Hiervon ausgenommen sind Planfeststellungen, Zulassung bergrechtlicher Betriebspläne, behördliche Entscheidungen auf Grund atomrechtlicher Vorschriften sowie wasserrechtliche Erlaubnisse und Bewilligungen.
Im Rahmen der Antragsstellung kann die Zulassung eines vorzeitigen Beginns nach § 8a BImSchG oder die Erteilung eines Vorbescheids nach § 9 BImSchG sowie die Aufteilung in mehrere Teilgenehmigungen nach § 8 BImSchG beantragt werden.